La Facultad de Ciencias Farmacéuticas y Bioquímicas, fue creada el año 1932 como Escuela de Farmacia dependiente de la Facultad de Medicina por el Dr. Fidel Anze Soria el cual fue Rector de la U.M.S.S., Decano y Catedrático de la Facultad.

El 22 de enero de 1951 es reconocida por Resolución del Honorable Consejo Universitario como Facultad de Química y Farmacia funcionando como tal hasta el año 1958 otorgando el título de Químico Farmacéutico, con un plan de estudio de 4 años más el examen de grado y el trabajo de tesis como sistema de egreso.

A continuación se presenta la carta de creación:

A partir del año 1959 hasta 1971 funcionó como Facultad de Bioquímica y Farmacia y los años de estudio se ampliaron a cinco.

Desde 1972 hasta 1981 pasó a depender de la Facultad de Medicina como carrera de Bioquímica y Farmacia, con un representante con el rango de jefe de carrera en el Consejo Facultativo de Medicina bajo la presidencia del Decano de Dicha Facultad.

A partir de 1982, gracias a un movimiento institucional de alumnos y docentes, por Resolución del Honorable Consejo Universitario se constituyó nuevamente con el rango de Facultad de Bioquímica y Farmacia como resultado de la 2da sectorial de Facultades de Bioquímica y Farmacia de Bolivia y las resoluciones de la 1ra y 2da Conferencia Facultativa realizada en 1992 y 1993, toma la denominación de Facultad de Ciencias Farmacéuticas y Bioquímicas con dos carreras Bioquímico y Químico Farmacéutico. Posteriormente debido a problemas de infraestructura, equipos, materiales y recursos humanos el Honorable Consejo Facultativo resolvió la reunificación de las dos carreras.

Debido a las diversas áreas del campo laboral a partir del 2013, se realizó el trámite ante la DPA, para cambiar el nombre a Facultad de Ciencias Farmacéuticas y Bioquímicas.